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AG7: Completar Genomas con PacBio
AG7
Las reads de PacBio CCS son largas y precisas (tasa de error alrededor del 0.1%). PacBio proporciona además una cobertura muy uniforme (incluso para regiones ricas en AT o GC) y una distribución aleatoria de los errores a lo largo de la secuencia. Nuestro sistema AG7 es capaz de unir los contigs de Illumina usando los reads de PacBio CCS.
 
Conseguimos alargar los contigs de Illumina y unirlos con las reads de CCS PacBio, que conectan los extremos de dos contigs diferentes. El análisis de estas conexiones permite el scaffolding de los contigs de Illumina y luego el enlace final de los contigs para conseguir cerrar el gemona bacteriano.

Nuestro método se fundamenta en la siguiente estrategia:

- Primero ensamblamos las reads de Illumina, obteniendo un ensamblado que con frecuencia presenta una precisión local alta.

- Luego unimos los contigs de Illumina usando las largas secuencias de CCS PacBio.

La longitud de estas secuencias nos permite resolver los principales problemas del ensamblaje de las reads de Illumina, que son las repeticiones, la cobertura no uniforme y la distribución no aleatoria de los errores.

El número de reads de PacBio CCS necesario para conseguir una cobertura suficiente del genoma bacteriano es muy bajo debido a la longitud de sus reads y a la cobertura uniforme. Esto permite el uso de métodos y algoritmos innovadores para manejarlas.
 
 
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