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WIP7: Similitudes locales entre proteínas
WIP7 (Words in Proteins), es un sistema para la detección de similitudes locales significativas entre proteínas. Encontrar similitudes locales significativas entre proteínas es una tarea importante porque nos puede llevar al descubrimiento de importantes nuevas funciones de una proteína.
 
Por ejemplo, si la proteína "A" se une a la proteína "B" y la proteína "X" es similar a la proteína "A" en el dominio responsable de la unión, es muy probable que la proteína "X" también se una a la proteína "B". Algunas proteínas de virus y bacterias imitan a las proteínas del huésped e interaccionan con los receptores del huésped para evadir al sistema inmune. Métodos como BLAST, diseñados para detectar similitudes en la secuencia entre secuencias relacionadas evolutivamente pueden no detectar estas importades similitudes resultado de la interacción con el huésped y adquiridas por fenómenos de evolución convergente.

WIP7 es un método desarrollado por Era7 Bioinformatics que detecta similitudes locales en regiones de secuencia muy cortas que en ocasiones no son detectadas por BLAST.

El servicio que se ofrece es completamente a medida y cuenta con los siguientes pasos:
- Definir la proteína o proteínas de interés
- Definir el set de proteínas de referencia con el que se comparará la proteína/s de interés para la búsqueda de similitudes locales
- Elaboración del presupuesto del proyecto
- Realización del análisis
- Envío del informe al cliente
 
 
 
 
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